港闸经济开发区共设置8个职能机构，分别为：党政办公室（区域治理现代化指挥中心、网格化服务管理中心）、经济发展局、人才和科技局、财政局、住房和城乡建设局、招商局、投资服务局（重大项目办公室）、安全生产监督管理局。同时，设置2个全额拨款事业单位，分别为：综合服务中心和招商中心。