市北高新区设下列职能机构：

（一）党政办公室。负责机关日常运转等工作；负责收集信息、参与政策研究与决策咨询；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；负责党史、地方志、年鉴编纂工作；负责干部人事、机构编制等工作；负责机关党建、党风廉政建设、新闻宣传、意识形态、工会、共青团、妇联工作；负责党工委、管委会日常值班等工作。

（二）经济发展和科技局。负责研究编制市北高新区国民经济和社会事业发展规划；负责经济运行、经贸管理、企业技改、综合统计、审计、能源评审工作；负责高新区评价、创新驱动、集聚区建设工作；负责贯彻落实上级科技创新和人才服务政策；负责知识产权保护、高新技术企业和专利申报工作；负责科技合作、产学研合作、科技人才引进、创新创业孵化载体平台建设等工作；负责产业引导扶持奖励政策兑现工作；负责外经、外贸和外包等商贸流通和电子商务工作；做好企业上市过程的跟踪和服务工作。

（三）财政局（国有资产管理办公室）。负责贯彻执行上级有关财经法规、纪律和各项财务规章制度；编制年度财政预决算方案，管理和监督年度预算的执行；做好辖区范围内财政收入的组织工作；负责开发建设所需资金的筹集、调度、核算工作；负责市、区土地出让金及各类规费分成结算；负责财政补贴、补助政策和资金落实工作；负责机关人员工资发放工作；负责市北高新区国有资产的清理、登记、管理、处置、经营工作；督促国有公司做好防范化解政府隐性债务风险工作；负责配合上级专项审计调查，督促整改审计查出的问题。

（四）住房和城乡建设局。负责市北高新区国土空间规划、控制性详细规划及相关规划的编制与实施工作；负责道路、桥梁、河道、绿化、管线、供水、排污等城市建设任务计划的制定与实施工作；负责项目选址、征地、土地出让以及涉地问题协调处理工作；扎口负责区域评估等工作；负责生态环境保护等工作。

（五）招商局。负责市北高新区招商引资工作；负责产业研究工作；负责制定和实施招商计划、编制招商推介资料、做好招商项目洽谈签约工作；负责依法报批外商投资企业的设立及变更工作；负责招商引资项目及经济合作有关数据的统计、汇总、分析工作；负责与海关、检验检疫、航空、铁路、公路和港口部门的协调联络等工作。

（六）投资服务局（重大项目办公室）。负责市北高新区范围内投资项目的跟踪推进工作；负责重大项目建设工作；负责协助项目建设单位办理土地证、工程规划许可证、工程施工许可证等前期手续和综合验收相关手续；负责协调处理项目建设过程中的相关问题等。

（七）安全生产监督管理局。按照区委、区政府对市北高新区和相关街道安全生产监督管理职能的划分，负责市北高新区内应急管理、安全生产等工作；应对安全生产类、自然灾害类等突发事件应急救援、综合防灾减灾救灾、安全生产综合监督管理及应急管理、安全生产、防灾减灾宣传教育等工作；负责组织、协调、监督、管理市北高新区内安全生产监督检查、专项整治等工作。

另按有关规定设立纪工委和工会、共青团、妇联组织。

设立南通市检验检测认证产业园管理办公室，由市北高新区党工委、管委会管理，主要负责检验检测认证产业项目的招引、服务和园区设施建设维护等工作。